La Fundación Arias desarrolla su trabajo en tres campos o áreas temáticas: Paz y Seguridad Humana, Buen Gobierno y Progreso Humano, y Altos Estudios e Investigación. En todos los casos, la premisa es acompañar tanto a las organizaciones de la sociedad civil como a los gobiernos legítimos con acciones orientadas a la participación y a la acción de la sociedad civil, a la igualdad de oportunidades para las mujeres y la equidad de género, y a la consolidación de una paz firme y duradera en Centroamérica y en todas aquellas regiones en donde la Fundación Arias sea llamada o pueda brindar su aporte y experiencia.

La Fundación Arias trabaja con la lógica de unir; de esta forma ha desarrollado relaciones de confianza y colaboración, en el ámbito regional e internacional, con organizaciones de la sociedad civil, con organizaciones no gubernamentales, con organizaciones campesinas y de base, así como también con gobiernos y organismos internacionales.

Área de Paz y Seguridad Humana

Desarrolla programas relacionados con temas de seguridad, prevención de la violencia, el uso y el tráfico ilegal de armas de fuego pequeñas y livianas. Trabaja con contrapartes diversas, que van desde tomadores de decisiones e instancias técnicas, hasta diferentes grupos de la población.

Área de Buen Gobierto y Progreso Humano

Se propone mejorar las capacidades de organizaciones de la sociedad civil, instituciones gubernamentales y organizaciones sociales (en especial de mujeres) para que participen y sean protagonistas de su desarrollo.

Área de Altos Estudios e Investigación

Tiene como finalidad desarrollar investigaciones para reforzar el compromiso con el desarrollo humano. En la actualidad tiene planteamientos en diversos temas en donde busca promover iniciativas de investigación y capacitación en el campo de las ciencias sociales.