El Área de Altos Estudios e Investigación tiene como finalidad desarrollar investigaciones para reforzar el compromiso con el desarrollo humano. En la actualidad tiene planteamientos en diversos temas en donde busca promover iniciativas de investigación y capacitación en el campo de las ciencias sociales.

En el corto y mediano plazo, la Fundación Arias se propone implementar estudios específicos en gestión política, gobernabilidad y participación ciudadana. Asimismo, elaborar y difundir métodos y fórmulas para el desarrollo de la responsabilidad social empresarial y su vínculo con las comunidades.

Como parte del trabajo realizado, en convenio con universidades e institutos especializados de diversas naciones, se desarrollaron encuentros temáticos de carácter internacional, para contribuir a la discusión y diálogo intersectoriales. En asocio con la Escuela de Graduados en Educación de la Universidad de Harvard y bajo el título "Educación y la formación de una ciudadanía democrática", se celebró en Agosto de 2005 el primero de ellos, mientras que el segundo, titulado "Hacia el buen gobierno: tareas aún pendientes" y organizado en asocio con la Fundación Carolina, la Red Eurolatinoamericana sobre Gobernabilidad Democrática y el Banco Interamericano de Desarrollo, en Octubre de 2006 convocó a cerca de cien representantes de los sectores académico, político y de las organizaciones de la sociedad civil. En enero de 2008, con la colaboración de la Organización Internacional para las Migraciones, la Universidad Nacional de Costa Rica, el Programa Estado de la Región, el Banco Interamericano de Desarrollo, la Asociación Ticos y Nicas Somos Hermanos, el Centro Internacional para el Desarrollo Humano, la Red Eurolatinoamericana sobre Gobernabilidad Democrática, la Fundación Carolina y la Universidad de la Ciudad de Dublín, se reunieron expertos para propiciar la reflexión compartida, el intercambio de criterios, la discusión de experiencias extra e intrarregionales y la identificación de elementos para la elaboración de una agenda para la acción y la cooperación para el adecuado tratamiento de las migraciones en la región.

Junto con el proyecto Estado de la Nación y el Posgrado en Economía de la Universidad de Costa Rica, la Fundación Arias ha participado en la elaboración de las tres últimas entregas del Índice Latinoamericano sobre Transparencia Presupuestaria, un proyecto encaminado a evaluar los niveles de transparencia en la elaboración y gestión presupuestaria de los países examinados.